הדיונים התקיימו לפני ואחרי יציאת המשלחת הישראלית לקהיר, אך בלטו בהיעדרם כמה מבכירי מערכת הביטחון.
על פי הדיווחים, שר הביטחון יואב גלנט, הרמטכ"ל רב-אלוף הרצי הלוי וראש מפקדת החטופים בצה"ל אלוף (במיל') ניצן אלון לא הוזמנו להשתתף בפגישות אלו. לעומת זאת, ראש המוסד דדי ברנע, העומד בראש צוות המשא ומתן, נכח בכל הדיונים, ובחלקם השתתף גם ראש השב"כ רונן בר.
מקורות המקורבים לבכירים שהודרו טוענים כי הסיבה לאי-הזמנתם נעוצה ברצונו של נתניהו להימנע מלחצים לפשרות בסוגיות מרכזיות, כגון ציר פילדלפי וציר נצרים. עם זאת, לשכת ראש הממשלה הכחישה טענות אלו וציינה כי "המנדט שניתן למשלחת סוכם בהתייעצות עם כל גורמי הביטחון".
בתוך כך, אימה של אחת החטופות התבטאה לאחר פגישה עם ראש הממשלה, באומרה: "יש בהילות שאנשים לא מבינים". דבריה מרמזים על התקדמות אפשרית במגעים לשחרור החטופים.
לשכת שר הביטחון סירבה להתייחס לדיונים המסווגים, ודובר צה"ל נמנע מתגובה. התפתחויות אלו מעלות שאלות לגבי תהליך קבלת ההחלטות בנוגע לעסקת החטופים ומידת שיתוף הפעולה בין הדרג המדיני לבכירי מערכת הביטחון.
יתר על כן, לפני יומיים העלה ראש הממשלה בנימין נתניהו הודעה ברשת החברתית X בנוגע לסוגיית השבויים ולמאמצי השפעתה של ארצות הברית בעניין זה:
"הנני מעריך את ההבנה שגילתה ארצות-הברית לאינטרסים הביטחוניים החיוניים שלנו, תוך כדי מאמצינו המשותפים להביא לשחרור חטופינו. הנני מבקש להדגיש: מאמצים לשחרור מרב מספר חטופים עודם בחיים – כבר בשלב הראשון של העסקה".
צילום ראשי מתוך רשת X, עמוד: Benjamin Netanyahu – בנימין נתניהו