הרמטכ"ל, רב-אלוף הרצי הלוי, הגיב בחריפות לאירוע ואמר: "אירוע הפריצה לבסיס שדה תימן הוא חמור ביותר ומנוגד לחוק. הפריצה לבסיס צבאי והפרת הסדר במקום הן התנהגות חמורה שאינה מקובלת בשום אופן". הרמטכ"ל הדגיש כי בעת מלחמה, פעולות מסוג זה מסכנות את ביטחון המדינה.
הלוי הבהיר כי הוא נותן גיבוי מלא לפרקליטות הצבאית ולמשטרה הצבאית החוקרת בחקירת האירוע. "זוהי חובתן, ללא קשר לדרגה או תפקיד", אמר. "דווקא חקירות אלו הן שמגנות על חיילינו בארץ ובעולם ושומרות על ערכי צה"ל".
בעקבות האירוע, התעוררה ביקורת ציבורית חריפה על הפורצים ועל המניעים שהובילו אותם לפעולה כה קיצונית. ארגוני חברה אזרחית קראו לממשלה לפעול ביד קשה נגד מפרי חוק ולחזק את שלטון החוק.
משרד הביטחון הודיע כי יפתח בחקירה מקיפה של האירוע, כולל בחינת הכשלים שאפשרו את הפריצה לבסיס. בינתיים, הוגברה האבטחה בבסיסי צה"ל ברחבי הארץ למניעת אירועים דומים.